L’échantillonnage des eaux consiste à prélever de petites quantité d’eau dans un ou plusieurs bidons. Ces prélèvements sont ensuite analysés par un laboratoire. Ces échantillonnages peuvent être réalisés sur les rivières, lacs, étangs ou en zones côtières. Ceci permet, entre autres, de surveiller les tendances à l’eutrophisation. Ils peuvent aussi assurer la qualité bactériologique des baignades.